ピカチュウの「ごきげん」がわかる！
2作目は1998年9月12日発売（2016年2月27日VC版配信）のポケットモンスター ピカチュウ。アニメ版の設定などを盛り込んでいる内容で、青とは異なりストーリーに赤緑からの追加点がある。
そいつは モンスターボールが きらいな ようじゃのう……
オーキド博士の説明の時のポケモンがニドリーノからピカチュウに変わっていたり、自宅でプレイしているゲームがファミコンからスーパーファミコンになったりしている。
ピカチュウ版の研究所でのライバル、赤緑の嫌味っぽいキャラからちょっと幼稚なキャラになっている。博士、主人公に机の上のイーブイを上げる予定ならライバルには誰を上げるつもりだったんだろう
今回は初戦勝利できた！よかった！
アニメ版のサトシのピカチュウと同じく、モンスターボールに入らないで主人公の後ろを付いてくる。最初のうちはまだ主人公になついておらず、笑顔を見せてくれない。これも可愛い。
ピカチュウ版ではトキワの森や無人発電所にピカチュウが生息していない。
ぷうー ぷぷうー
ニビシティのポケモンセンターでは、アニメ版でマイク付きペンで落書きすることでおなじみのプリンが歌っている。この歌を聞くとピカチュウが寝て、主人公の真後ろを付いてこなくなる。寝てるピカチュウも可愛い。
アニメ版でおなじみのあの二人（と思われる人物）も登場。ピカチュウ版ではこのロケット団員たちの名前は出てこない。ロケット団関連だとサカキがペルシアンを使ったりもしてくる。
ジムリーダーの手持ちも赤緑と変わっている人もいる。アニメ版同様、マチスの手持ちがライチュウだけになっている。メガトンパンチとメガトンキックが普通に強い。
また、アニメ版同様、フシギダネ・ヒトカゲ・ゼニガメの3匹を入手できる。フシギダネやゼニガメはアニメとかなり似ている状況だけど、ヒトカゲは美化されすぎじゃない？
……あら あなたも かわいい ピカチュウを つれてるわね
タマムシマンションの管理人がピカチュウの懐き度を教えてくれるようになった。この管理人さん、ポケモンたちと一緒で幸せそうだよね～～
ピカチュウ版はジムリーダーのポケモンのレベルが結構高くなってて大変。キョウのモルフォンやナツメのポケモン3匹がレベル50になっており、トレーナー戦を避けたりしているとレベル差があって負ける可能性がある。
ナツメ戦は1匹目のケーシィからレベル50だが、フラッシュしかしてこないのでその間にピカチュウのかげぶんしんを積んでおいて2匹目のユンゲラー、フーディンを乗り切った。回避ゲーは楽しいですからね
19番道路の小屋ではミニゲーム、ピカチュウのサマービーチができる。ゲームボーイ版ではポケモンスタジアム等でなみのりを覚えたピカチュウを手持ちに入れている場合のみ遊べたが、VC版では最初に貰えるピカチュウを手持ちに入れていればできる。
四天王のポケモンたちも変わっており、キクコのゲンガーのみがわりがちょっとめんどくさかった。また、ワタルのハクリューやカイリューがこうそくいどう連打をせずにちゃんと攻撃してくる。
チャンピオン戦では相手のフーディンに壊滅させられそうになったがなんとか勝利し、ついにでんどういり。
スタッフクレジットに大谷育江さんの名前も載っている。
手持ち
※レベルや技はストーリークリア時のもの
スウ（ピカチュウ）
レベル46
マサラタウンでレベル5の時に出会った。
ニックネームはポケモンスリープで最初に貰ったピカチュウのニックネームから。「ゥ」が使えなかったので「ウ」になった。
最初のパートナー。みずタイプやひこうタイプ相手に戦ってくれたほか、かげぶんしんで運ゲーをしかけられる。後ろをちょこちょこ付いてきて可愛い。
ジエット（ピジョット）
レベル44
1番道路でレベル6の時に出会った。11番道路でピジョンに、タマムシシティでピジョットに進化。
ニックネームは速そうだから…？つけた気がする…ちなみにピジョットはマッハ2で飛べるのでジェット機の3倍くらいの速度を出せる。
そらをとぶ枠。タマムシジムやセキチクジムでも活躍してくれた。
がんきょう（オコリザル）
レベル43
22番道路でレベル3の時に出会った。イワヤマトンネルでオコリザルに進化。
ニックネームはオコリザルといえば老眼鏡ケースなので。
ピカチュウ版では定数ダメージでないタイプ一致技のけたぐりを覚えられるようになった。（当時のけたぐりは重さ関係ないし、からてチョップはノーマル技）メガトンキックが強い。
ワカクサ（バタフリー）
レベル45
トキワのもりでレベル6の時に出会った。3番道路でバタフリーに進化。
ニックネームはポケモンスリープのワカクサ本島でめっちゃ活躍していたから。
緑でコクーンを捕まえたので今回はトランセルを捕まえた。サイケこうせんで攻撃する以外にねむり、どく、こんらんなど幅広く活躍した。耐久はあんまりない。
レベル46
10番道路でレベル20の時に出会った。14番道路でキングラーに進化。
ニックネームはお腹が空いていたから。
すごいつりざお入手後に捕獲。当時のみず技は特殊技だが、それでもクラブハンマーが良い火力だった。ギロチンは相手の方がレベルが高いことが多く、そんなに使わなかった。
ビクトリー（ケンタロス）
レベル45
サファリゾーンでレベル21の時に出会った。
ニックネームはニンテンドウカップ2000決勝での有名なケンタロスから。
終盤での加入だったが、エスパータイプやドラゴンタイプなど手持ちのポケモンたちで弱点をつけない相手にも余裕で勝てる、チームのエース。はかいこうせんを覚えさせる必要なく、ふみつけてるだけで勝てた。すばやさが高いし怯ませることもかなりあった。ナツメのフーディン、ワタルのカイリュー、ライバルのフーディン等は全部ケンタロスが倒してくれた。
